arvkevi/ezancestry

Что это?

Ключевые возможности

• 01Определяет происхождение по файлам 23andMe, ancestry.com и VCF
• 02Сопоставляет образцы пользователя с более чем 2 500 образцами 1000 Genomes
• 03Включает предварительно обученные модели k-NN для панелей Kidd (55 SNP) и Seldin (128 SNP)
• 04Поддерживает прогнозы на уровне суперпопуляции и популяции
• 05Позволяет обучать модели на пользовательском наборе AISNP и получать отчёты с перекрёстной проверкой
• 06Включает команду для построения трёхмерной диаграммы и приложение Streamlit для визуализации

Сценарии использования

• Визуализация результата генетического теста рядом с референсными популяциями
• Оценка того, насколько хорошо пользовательская панель информативных для происхождения SNP разделяет популяции
• Обучение или демонстрация определения происхождения на данных 1000 Genomes
• Пакетное определение происхождения для когорты файлов генотипов

Быстрый старт

1. 1

   Установите ezancestry с помощью pip

   pip install ezancestry
2. 2

   Определите происхождение по файлу генетических данных, полученных в результате прямого потребительского тестирования

   ezancestry predict mygenome.txt
3. 3

   Визуализируйте прогнозы в виде 3D-диаграммы рассеяния в браузере

   ezancestry plot predictions.csv

Что важно знать

• !Прогнозы основаны лишь на небольшом наборе SNP, информативных для определения происхождения, и сопоставляются с образцами 1000 Genomes, поэтому результаты приблизительны.
• !Инструмент не предназначен для принятия медицинских или клинических решений; он создан для исследований и изучения.

В подборках

Темы

Частые вопросы

Что такое ezancestry?

Инструмент на Python для определения генетического происхождения по данным SNP от сервисов генетического тестирования, с сопоставлением с образцами проекта 1000 Genomes. ezancestry определяет генетическое происхождение по исходным генетическим файлам от сервисов прямого тестирования, например 23andMe и ancestry.com, а также по файлам VCF. Он сопоставляет генотипы пользователя с более чем 2 500 образцами из проекта 1000 Genomes и с помощью классификатора k ближайших соседей, обученного на информативных для происхождения SNP (AISNP), присваивает метки континентальных и региональных популяций.

ezancestry можно использовать бесплатно? Какая у него лицензия?

ezancestry распространяется с открытым исходным кодом под лицензией MIT. Перед использованием в коммерческих продуктах проверьте условия лицензии.

ezancestry всё ещё поддерживается?

Обновлялся за последние 6 месяцев. Последний коммит в ezancestry — 7 окт. 2026 г..

Для чего можно использовать ezancestry?

Визуализация результата генетического теста рядом с референсными популяциями Оценка того, насколько хорошо пользовательская панель информативных для происхождения SNP разделяет популяции Обучение или демонстрация определения происхождения на данных 1000 Genomes Пакетное определение происхождения для когорты файлов генотипов

Как установить ezancestry?

Установите ezancestry с помощью pip: pip install ezancestry Определите происхождение по файлу генетических данных, полученных в результате прямого потребительского тестирования: ezancestry predict mygenome.txt Визуализируйте прогнозы в виде 3D-диаграммы рассеяния в браузере: ezancestry plot predictions.csv

Где скачать ezancestry?

Исходный код и инструкции по установке — на GitHub: https://github.com/arvkevi/ezancestry