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arvkevi/ezancestry

Herramienta de Python que predice la ascendencia genética a partir de datos SNP de pruebas directas al consumidor, comparándolos con muestras del proyecto 1000 Genomes.

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hace 30 días

¿Qué es?

ezancestry predice la ascendencia genética a partir de archivos genéticos sin procesar de pruebas directas al consumidor, como los resultados de 23andMe y ancestry.com, así como de archivos VCF. Sitúa los genotipos de una persona junto a más de 2.500 muestras del proyecto 1000 Genomes y utiliza un clasificador de k vecinos más cercanos, entrenado con SNP informativos sobre la ascendencia (AISNP), para asignar etiquetas de población continental y regional.

El paquete incluye modelos preentrenados para dos paneles AISNP publicados: un conjunto de 55 SNP de Kidd et al. y otro de 128 SNP de Kosoy et al. (laboratorio de Seldin). Las predicciones pueden hacerse a nivel de superpoblación o de población, con reducción opcional de dimensionalidad basada en PCA.

Incluye una interfaz de línea de comandos con comandos para obtener datos, predecir, crear gráficos y entrenar, además de una API de Python. También se puede proporcionar una lista personalizada de AISNP y entrenar nuevos modelos para evaluar qué tan bien separa ese panel los grupos de ascendencia, con informes de validación cruzada. Para visualizar los resultados, incluye una app de Streamlit y un gráfico de dispersión en 3D.

Funciones clave

  • 01Predice la ascendencia a partir de archivos de 23andMe, ancestry.com y VCF
  • 02Compara las muestras de los usuarios con más de 2.500 muestras de 1000 Genomes
  • 03Incluye modelos k-NN preentrenados para los paneles de Kidd (55 SNP) y Seldin (128 SNP)
  • 04Admite predicciones a nivel de superpoblación y de población
  • 05Permite entrenar modelos con un conjunto personalizado de AISNP e incluye informes de validación cruzada
  • 06Incluye un comando para crear gráficos en 3D y una app de Streamlit para visualizar los resultados

Casos de uso

  • Visualizar el resultado de una prueba genética directa al consumidor junto a poblaciones de referencia
  • Evaluar qué tan bien un panel personalizado de SNP informativos sobre la ascendencia separa distintas poblaciones
  • Enseñar o demostrar la inferencia de ascendencia con datos de 1000 Genomes
  • Predecir la ascendencia en lote para una cohorte de archivos de genotipos

Inicio rápido

  1. 1

    Instala ezancestry con pip

    pip install ezancestry
  2. 2

    Predice la ascendencia a partir de tu archivo de datos genéticos de consumo directo

    ezancestry predict mygenome.txt
  3. 3

    Visualiza las predicciones en un gráfico de dispersión 3D en tu navegador

    ezancestry plot predictions.csv

Antes de usarlo

  • Las predicciones se basan únicamente en un pequeño conjunto de SNP informativos sobre la ascendencia, comparados con muestras de 1000 Genomes, por lo que los resultados son aproximados.
  • No está diseñado para tomar decisiones médicas o clínicas; es una herramienta de investigación y exploración.

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#genomics#ancestry#machine-learning#bioinformatics#personal-genomics#data-visualization#streamlit#dimensionality-reduction#genomics-visualization#genotypes

Preguntas frecuentes

¿Qué es ezancestry?
Herramienta de Python que predice la ascendencia genética a partir de datos SNP de pruebas directas al consumidor, comparándolos con muestras del proyecto 1000 Genomes. ezancestry predice la ascendencia genética a partir de archivos genéticos sin procesar de pruebas directas al consumidor, como los resultados de 23andMe y ancestry.com, así como de archivos VCF. Sitúa los genotipos de una persona junto a más de 2.500 muestras del proyecto 1000 Genomes y utiliza un clasificador de k vecinos más cercanos, entrenado con SNP informativos sobre la ascendencia (AISNP), para asignar etiquetas de población continental y regional.
¿ezancestry es gratuito? ¿Qué licencia tiene?
ezancestry es open source bajo la licencia MIT. Revisa los términos de la licencia antes de usarlo en productos comerciales.
¿ezancestry sigue mantenido?
Mantenimiento activo. El último commit de ezancestry fue el 7 oct 2026.
¿Para qué puedo usar ezancestry?
Visualizar el resultado de una prueba genética directa al consumidor junto a poblaciones de referencia Evaluar qué tan bien un panel personalizado de SNP informativos sobre la ascendencia separa distintas poblaciones Enseñar o demostrar la inferencia de ascendencia con datos de 1000 Genomes Predecir la ascendencia en lote para una cohorte de archivos de genotipos
¿Cómo se instala ezancestry?
Instala ezancestry con pip: pip install ezancestry Predice la ascendencia a partir de tu archivo de datos genéticos de consumo directo: ezancestry predict mygenome.txt Visualiza las predicciones en un gráfico de dispersión 3D en tu navegador: ezancestry plot predictions.csv
¿Dónde consigo ezancestry?
El código fuente y las instrucciones de instalación están en GitHub: https://github.com/arvkevi/ezancestry

Resumen generado por IA a partir del README del proyecto. Las estadísticas de GitHub se actualizan a diario.

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