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arvkevi/ezancestry

Ferramenta em Python que prevê a ancestralidade genética de uma pessoa a partir de dados SNP de testes diretos ao consumidor, comparando-os com amostras do 1000 Genomes.

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mês passado

O que é?

ezancestry prevê a ancestralidade genética a partir de arquivos genéticos brutos de testes diretos ao consumidor, como os dados da 23andMe e do ancestry.com, além de arquivos VCF. A ferramenta posiciona os genótipos do usuário junto a mais de 2.500 amostras do 1000 Genomes Project e usa um classificador k-nearest neighbors treinado com SNPs informativos de ancestralidade (AISNPs) para atribuir rótulos de populações continentais e regionais.

O pacote inclui modelos pré-treinados para dois painéis de AISNPs publicados: um conjunto de 55 SNPs de Kidd et al. e outro de 128 SNPs de Kosoy et al. (Seldin lab). As previsões podem ser feitas no nível de superpopulação ou de população, com redução de dimensionalidade opcional baseada em PCA.

Uma interface de linha de comando oferece os comandos fetch, predict, plot e train, e também há uma API Python. Os usuários podem fornecer uma lista personalizada de AISNPs e treinar novos modelos para avaliar o quanto esse painel separa grupos de ancestralidade, com relatórios de validação cruzada. A ferramenta também oferece um app Streamlit e um gráfico de dispersão 3D para visualização.

Recursos principais

  • 01Prevê a ancestralidade a partir de arquivos da 23andMe, ancestry.com e VCF
  • 02Compara as amostras do usuário com mais de 2.500 amostras do 1000 Genomes
  • 03Inclui modelos k-NN pré-treinados para os painéis de Kidd (55 SNPs) e Seldin (128 SNPs)
  • 04Permite previsões no nível de superpopulação e de população
  • 05Permite treinar modelos com um conjunto personalizado de AISNPs e gerar relatórios de validação cruzada
  • 06Inclui um comando para gerar gráficos 3D e um app Streamlit para visualização

Casos de uso

  • Visualizar o resultado de um teste genético direto ao consumidor junto a populações de referência
  • Avaliar o quanto um painel personalizado de SNPs informativos de ancestralidade separa populações
  • Ensinar ou demonstrar inferência de ancestralidade com dados do 1000 Genomes
  • Prever a ancestralidade em lote para uma coorte de arquivos de genótipos

Início rápido

  1. 1

    Instale ezancestry com pip

    pip install ezancestry
  2. 2

    Preveja a ancestralidade a partir do seu arquivo de dados genéticos de consumo direto

    ezancestry predict mygenome.txt
  3. 3

    Visualize as previsões em um gráfico de dispersão 3D no navegador

    ezancestry plot predictions.csv

Antes de usar

  • As previsões se baseiam apenas em um pequeno conjunto de SNPs informativos sobre ancestralidade, comparados com amostras do 1000 Genomes; portanto, os resultados são aproximados.
  • A ferramenta não se destina a decisões médicas ou clínicas; é voltada à pesquisa e à exploração.

Em coleções

Cursos e ferramentas de ciência de dados

Tópicos

#genomics#ancestry#machine-learning#bioinformatics#personal-genomics#data-visualization#streamlit#dimensionality-reduction#genomics-visualization#genotypes

Perguntas frequentes

O que é ezancestry?
Ferramenta em Python que prevê a ancestralidade genética de uma pessoa a partir de dados SNP de testes diretos ao consumidor, comparando-os com amostras do 1000 Genomes. ezancestry prevê a ancestralidade genética a partir de arquivos genéticos brutos de testes diretos ao consumidor, como os dados da 23andMe e do ancestry.com, além de arquivos VCF. A ferramenta posiciona os genótipos do usuário junto a mais de 2.500 amostras do 1000 Genomes Project e usa um classificador k-nearest neighbors treinado com SNPs informativos de ancestralidade (AISNPs) para atribuir rótulos de populações continentais e regionais.
ezancestry é gratuito? Qual é a licença?
ezancestry é open source sob a licença MIT. Confira os termos da licença antes de usá-lo em produtos comerciais.
ezancestry ainda é mantido?
Atualizado nos últimos 6 meses. O último commit de ezancestry foi em 7 de out. de 2026.
Para que posso usar ezancestry?
Visualizar o resultado de um teste genético direto ao consumidor junto a populações de referência Avaliar o quanto um painel personalizado de SNPs informativos de ancestralidade separa populações Ensinar ou demonstrar inferência de ancestralidade com dados do 1000 Genomes Prever a ancestralidade em lote para uma coorte de arquivos de genótipos
Como instalar ezancestry?
Instale ezancestry com pip: pip install ezancestry Preveja a ancestralidade a partir do seu arquivo de dados genéticos de consumo direto: ezancestry predict mygenome.txt Visualize as previsões em um gráfico de dispersão 3D no navegador: ezancestry plot predictions.csv
Onde consigo ezancestry?
O código-fonte e as instruções de instalação estão no GitHub: https://github.com/arvkevi/ezancestry

Resumo gerado por IA a partir do README do projeto. As estatísticas do GitHub são atualizadas diariamente.

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