cytokineking/FreeBindCraft

Что это?

Ключевые возможности

• 01Запускает BindCraft без лицензии PyRosetta с помощью флага --no-pyrosetta.
• 02Расслабляет структуры с помощью протокола OpenMM, который может использовать GPU с CUDA, а затем перестраивает боковые цепи с помощью FASPR.
• 03Рассчитывает комплементарность формы с помощью sc-rs, а SASA — с помощью FreeSASA или Biopython.
• 04Добавляет скоринг ipSAE и возможность ранжировать по нему итоговые варианты.
• 05Предоставляет интерактивный мастер настройки и оболочку Docker для конфигурации и запусков.

Сценарии использования

• Дизайн белковых биндеров на Linux-рабочей станции с GPU, когда лицензия PyRosetta недоступна или нежелательна.
• Сравнение метрик интерфейса с открытым исходным кодом и метрик на основе PyRosetta для набора структур в папке.
• Ранжирование вариантов биндеров по ipSAE вместо стандартной метрики i_pTM.

Быстрый старт

1. 1

   Клонируйте репозиторий

   git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder]
2. 2

   Запустите установщик без PyRosetta (Linux x86_64 с драйвером NVIDIA версии 575.57.08 или новее)

   bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta
3. 3

   Активируйте окружение Conda

   conda activate BindCraft
4. 4

   Запустите BindCraft в режиме обхода с настройками целевого объекта

   python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta

Что важно знать

• !Для проверенной установки требуется Linux x86_64 с графическим процессором NVIDIA и драйвером версии 575.57.08 или новее.
• !Специфичные для Rosetta метрики, для которых нет эквивалентов с открытым исходным кодом, не вычисляются и заменяются значениями-заполнителями.
• !В качестве лицензии указано NOASSERTION, поэтому перед использованием проверьте условия лицензии репозитория.

Темы

Частые вопросы

Что такое FreeBindCraft?

Форк BindCraft для дизайна белковых биндеров: PyRosetta можно не устанавливать, заменив этапы релаксации и скоринга инструментами с открытым исходным кодом. FreeBindCraft — модифицированная версия BindCraft, пайплайна для дизайна белковых биндеров, например мини-белков и пептидов, к целевой структуре. В форке добавлен флаг --no-pyrosetta, позволяющий запускать пайплайн без лицензии PyRosetta. Это удобно, если коммерческая лицензия становится препятствием.

FreeBindCraft можно использовать бесплатно? Какая у него лицензия?

FreeBindCraft распространяется с открытым исходным кодом под лицензией Other. Перед использованием в коммерческих продуктах проверьте условия лицензии.

FreeBindCraft всё ещё поддерживается?

Активно поддерживается. Последний коммит в FreeBindCraft — 20 окт. 2026 г..

Для чего можно использовать FreeBindCraft?

Дизайн белковых биндеров на Linux-рабочей станции с GPU, когда лицензия PyRosetta недоступна или нежелательна. Сравнение метрик интерфейса с открытым исходным кодом и метрик на основе PyRosetta для набора структур в папке. Ранжирование вариантов биндеров по ipSAE вместо стандартной метрики i_pTM.

Как установить FreeBindCraft?

Клонируйте репозиторий: git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder] Запустите установщик без PyRosetta (Linux x86_64 с драйвером NVIDIA версии 575.57.08 или новее): bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta Активируйте окружение Conda: conda activate BindCraft Запустите BindCraft в режиме обхода с настройками целевого объекта: python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta

Где скачать FreeBindCraft?

Исходный код и инструкции по установке — на GitHub: https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft