cytokineking/FreeBindCraft

어떤 프로젝트인가요?

핵심 기능

• 01--no-pyrosetta 플래그로 PyRosetta 라이선스 없이 BindCraft를 실행합니다.
• 02CUDA GPU를 사용할 수 있는 OpenMM 프로토콜로 구조를 이완한 뒤 FASPR로 곁사슬을 재패킹합니다.
• 03sc-rs로 형태 상보성을, FreeSASA 또는 Biopython으로 SASA를 계산합니다.
• 04ipSAE 점수 계산을 추가하고 이를 기준으로 최종 설계의 순위를 매기는 옵션을 제공합니다.
• 05설정과 실행을 위한 대화형 설정 마법사와 Docker 래퍼를 제공합니다.

활용 사례

• PyRosetta 라이선스가 없거나 사용을 원치 않는 Linux GPU 워크스테이션에서 단백질 바인더를 설계합니다.
• 구조 파일이 있는 폴더를 대상으로 오픈소스와 PyRosetta 기반 인터페이스 지표를 비교합니다.
• 기본값인 i_pTM 대신 ipSAE를 기준으로 바인더 설계의 순위를 매깁니다.

빠른 시작

1. 1

   저장소를 클론합니다

   git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder]
2. 2

   PyRosetta 없이 설치 프로그램을 실행합니다(Linux x86_64, NVIDIA 드라이버 575.57.08 이상)

   bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta
3. 3

   Conda 환경을 활성화합니다

   conda activate BindCraft
4. 4

   대상 설정을 지정해 우회 모드로 BindCraft를 실행합니다

   python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta

사용 전 알아둘 점

• !테스트된 설치에는 NVIDIA GPU와 드라이버 575.57.08 이상이 설치된 Linux x86_64가 필요합니다.
• !오픈 소스 대체 항목이 없는 Rosetta 전용 지표는 계산되지 않으며 플레이스홀더 값이 사용됩니다.
• !라이선스가 NOASSERTION으로 표시되어 있으므로 사용 전에 저장소의 라이선스 조건을 확인하세요.

토픽

자주 묻는 질문

FreeBindCraft은(는) 무엇인가요?

PyRosetta 사용을 선택 사항으로 바꾸고, 구조 이완과 점수 계산에 오픈소스 도구를 사용하는 BindCraft 포크입니다. FreeBindCraft는 표적 구조에 결합하는 미니단백질이나 펩타이드 같은 단백질 바인더를 설계하는 파이프라인인 BindCraft를 수정한 버전입니다. 이 포크에는 PyRosetta 라이선스 없이 파이프라인을 실행할 수 있는 --no-pyrosetta 플래그가 추가되어 있어, 상용 라이선스가 부담스러운 경우에 유용합니다.

FreeBindCraft은(는) 무료로 사용할 수 있나요? 라이선스는 무엇인가요?

FreeBindCraft은(는) Other 라이선스의 오픈소스입니다. 상업용 제품에 사용하기 전에 라이선스 조건을 확인하세요.

FreeBindCraft은(는) 아직 유지보수되고 있나요?

활발히 유지보수 중. FreeBindCraft의 마지막 커밋은 2026년 10월 20일입니다.

FreeBindCraft은(는) 어디에 사용할 수 있나요?

PyRosetta 라이선스가 없거나 사용을 원치 않는 Linux GPU 워크스테이션에서 단백질 바인더를 설계합니다. 구조 파일이 있는 폴더를 대상으로 오픈소스와 PyRosetta 기반 인터페이스 지표를 비교합니다. 기본값인 i_pTM 대신 ipSAE를 기준으로 바인더 설계의 순위를 매깁니다.

FreeBindCraft는 어떻게 설치하나요?

저장소를 클론합니다: git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder] PyRosetta 없이 설치 프로그램을 실행합니다(Linux x86_64, NVIDIA 드라이버 575.57.08 이상): bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta Conda 환경을 활성화합니다: conda activate BindCraft 대상 설정을 지정해 우회 모드로 BindCraft를 실행합니다: python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta

FreeBindCraft은(는) 어디서 받을 수 있나요?

소스 코드와 설치 방법은 GitHub에 있습니다: https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft