cytokineking/FreeBindCraft

O que é?

Recursos principais

• 01Executa o BindCraft sem uma licença do PyRosetta por meio da flag --no-pyrosetta.
• 02Relaxa estruturas com um protocolo OpenMM que pode usar GPUs CUDA, seguido pelo reempacotamento das cadeias laterais com FASPR.
• 03Calcula a complementaridade de forma com sc-rs e a SASA com FreeSASA ou Biopython.
• 04Adiciona a pontuação ipSAE e a opção de classificar os designs finais por essa métrica.
• 05Oferece um assistente interativo de configuração e um wrapper do Docker para configurar e executar o pipeline.

Casos de uso

• Projetar ligantes proteicos em uma estação de trabalho Linux com GPU quando não há uma licença do PyRosetta disponível ou quando não se deseja usá-la.
• Comparar métricas de interface open source com métricas baseadas no PyRosetta em uma pasta de estruturas.
• Classificar designs de ligantes por ipSAE em vez da métrica padrão i_pTM.

Início rápido

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   Clone o repositório

   git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder]
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   Execute o instalador sem PyRosetta (Linux x86_64 com driver NVIDIA 575.57.08 ou mais recente)

   bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta
3. 3

   Ative o ambiente Conda

   conda activate BindCraft
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   Execute o BindCraft no modo de desvio com as configurações do seu alvo

   python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta

Antes de usar

• !A instalação testada requer Linux x86_64 com uma GPU NVIDIA e driver 575.57.08 ou mais recente.
• !Métricas específicas do Rosetta sem equivalentes de código aberto não são calculadas e usam valores de espaço reservado.
• !A licença está listada como NOASSERTION; portanto, verifique os termos de licença do repositório antes de usar.

Tópicos

Perguntas frequentes

O que é FreeBindCraft?

Fork do BindCraft para projetar ligantes proteicos, que torna o PyRosetta opcional e substitui as etapas de relaxamento e pontuação por ferramentas open source. FreeBindCraft é uma versão modificada do BindCraft, um pipeline para projetar ligantes proteicos, como miniproteínas e peptídeos, contra uma estrutura-alvo. O fork adiciona a flag --no-pyrosetta, que permite executar o pipeline sem uma licença do PyRosetta — útil quando o licenciamento comercial é um obstáculo.

FreeBindCraft é gratuito? Qual é a licença?

FreeBindCraft é open source sob a licença Other. Confira os termos da licença antes de usá-lo em produtos comerciais.

FreeBindCraft ainda é mantido?

Manutenção ativa. O último commit de FreeBindCraft foi em 20 de out. de 2026.

Para que posso usar FreeBindCraft?

Projetar ligantes proteicos em uma estação de trabalho Linux com GPU quando não há uma licença do PyRosetta disponível ou quando não se deseja usá-la. Comparar métricas de interface open source com métricas baseadas no PyRosetta em uma pasta de estruturas. Classificar designs de ligantes por ipSAE em vez da métrica padrão i_pTM.

Como instalar FreeBindCraft?

Clone o repositório: git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder] Execute o instalador sem PyRosetta (Linux x86_64 com driver NVIDIA 575.57.08 ou mais recente): bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta Ative o ambiente Conda: conda activate BindCraft Execute o BindCraft no modo de desvio com as configurações do seu alvo: python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta

Onde consigo FreeBindCraft?

O código-fonte e as instruções de instalação estão no GitHub: https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft