cytokineking/FreeBindCraft

これは何？

主な機能

• 01--no-pyrosettaフラグを使い、PyRosettaのライセンスなしでBindCraftを実行できます。
• 02CUDA GPUを利用可能なOpenMMプロトコルで構造を緩和し、その後FASPRで側鎖を再パッキングします。
• 03sc-rsで形状相補性を、FreeSASAまたはBiopythonでSASAを計算します。
• 04ipSAEによるスコアリングを追加し、これを基準に最終設計をランク付けするオプションを備えています。
• 05設定や実行に使える対話式セットアップウィザードとDockerラッパーを提供します。

ユースケース

• PyRosettaのライセンスが利用できない、または使用を避けたい場合に、LinuxのGPUワークステーションでタンパク質結合分子を設計する。
• 構造ファイルのフォルダーを対象に、オープンソースのインターフェースメトリクスとPyRosettaベースのメトリクスを比較する。
• デフォルトのi_pTMではなくipSAEを基準に、結合分子の設計候補をランク付けする。

クイックスタート

1. 1

   リポジトリをクローンする

   git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder]
2. 2

   PyRosettaを使わずにインストーラーを実行する（Linux x86_64、NVIDIAドライバー575.57.08以降）

   bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta
3. 3

   Conda環境を有効化する

   conda activate BindCraft
4. 4

   ターゲット設定を指定して、バイパスモードでBindCraftを実行する

   python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta

使う前に知っておきたいこと

• !テスト済みのインストールには、NVIDIA GPUとドライバー575.57.08以降を搭載したLinux x86_64が必要です。
• !オープンソースの代替手段がないRosetta固有の指標は計算されず、プレースホルダー値が使用されます。
• !ライセンスはNOASSERTIONと記載されています。使用前にリポジトリのライセンス条件を確認してください。

トピック

よくある質問

FreeBindCraft とは？

BindCraftのフォークであるタンパク質結合分子設計ツール。PyRosettaを任意にし、緩和とスコアリングをオープンソースツールに置き換えます。 FreeBindCraftは、標的構造に結合するミニタンパク質やペプチドなどを設計するパイプラインBindCraftの改変版です。このフォークでは、PyRosettaのライセンスなしでパイプラインを実行できる--no-pyrosettaフラグを追加しており、商用ライセンスが障壁となる場合に役立ちます。

FreeBindCraft は無料で使えますか？ライセンスは？

FreeBindCraft は Other ライセンスのオープンソースです。商用製品で使う前にライセンス条件を確認してください。

FreeBindCraft は今もメンテナンスされていますか？

活発にメンテナンス中。FreeBindCraft の最終コミットは 2026年10月20日 です。

FreeBindCraft は何に使えますか？

PyRosettaのライセンスが利用できない、または使用を避けたい場合に、LinuxのGPUワークステーションでタンパク質結合分子を設計する。 構造ファイルのフォルダーを対象に、オープンソースのインターフェースメトリクスとPyRosettaベースのメトリクスを比較する。 デフォルトのi_pTMではなくipSAEを基準に、結合分子の設計候補をランク付けする。

FreeBindCraft のインストール方法は？

リポジトリをクローンする: git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder] PyRosettaを使わずにインストーラーを実行する（Linux x86_64、NVIDIAドライバー575.57.08以降）: bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta Conda環境を有効化する: conda activate BindCraft ターゲット設定を指定して、バイパスモードでBindCraftを実行する: python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta

FreeBindCraft はどこで入手できますか？

ソースコードとインストール手順は GitHub にあります：https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft