FreeBindCraft 可以免费使用吗？用的什么许可证？

FreeBindCraft 以 Other 许可证开源。用于商业产品前，请先确认许可证条款。

FreeBindCraft 还在维护吗？

活跃维护中。FreeBindCraft 最近一次提交是在 2026年10月20日。

FreeBindCraft 适合用来做什么？

在无法或不便获取 PyRosetta 许可证的 Linux GPU 工作站上设计蛋白结合物。对一批结构比较开源与 PyRosetta 的界面指标。用 ipSAE 而非默认的 i_pTM 对结合物设计结果进行排序。

FreeBindCraft 怎么安装和运行？

克隆仓库: git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder] 在不安装 PyRosetta 的情况下运行安装脚本（需要 Linux x86_64 及 575.57.08 或更新版本的 NVIDIA 驱动）: bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta 激活 Conda 环境: conda activate BindCraft 使用你的目标设置以免 PyRosetta 模式运行 BindCraft: python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta

在哪里获取 FreeBindCraft？

源代码和安装说明在 GitHub 上：https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft

cytokineking/FreeBindCraft

BindCraft 蛋白结合物设计工具的分支版本，将 PyRosetta 设为可选，改用开源组件完成结构松弛与打分。

在 GitHub 查看

Star: 167
Fork: 33
未关闭 Issue: 1
最近提交: 10小时前

这是什么？

FreeBindCraft 是 BindCraft 的修改版本。BindCraft 是一个针对目标蛋白结构设计微型蛋白、多肽等结合物的流程。该分支增加了 --no-pyrosetta 选项，使流程无需 PyRosetta 许可证即可运行，适合受商业授权限制的场景。

在无 PyRosetta 模式下，结构松弛改用基于 OpenMM 的方案，包含 PDBFixer 结构预处理和可选的 GPU 加速，之后用 FASPR 重新打包侧链。形状互补性由开源库 sc-rs 计算，溶剂可及表面积由 FreeSASA 计算，缺省时回退到 Biopython 实现。部分仅 Rosetta 才有的指标没有开源替代，会使用占位值，因此解读过滤结果时需要谨慎。

该分支还加入了基于 AlphaFold PAE 的界面质量指标 ipSAE，可选择按其对最终设计排序。项目提供交互式配置向导、可本地构建的 Docker 镜像，以及实验性的 Apple Silicon 支持。

核心功能

01通过 --no-pyrosetta 参数无需 PyRosetta 许可证即可运行 BindCraft。
02使用可调用 CUDA GPU 的 OpenMM 流程进行结构松弛，之后用 FASPR 重新打包侧链。
03用 sc-rs 计算形状互补性，用 FreeSASA 或 Biopython 计算溶剂可及表面积。
04新增 ipSAE 界面打分，并可据此对最终设计排序。
05提供交互式配置向导和 Docker 封装脚本。

适用场景

在无法或不便获取 PyRosetta 许可证的 Linux GPU 工作站上设计蛋白结合物。
对一批结构比较开源与 PyRosetta 的界面指标。
用 ipSAE 而非默认的 i_pTM 对结合物设计结果进行排序。

快速上手

1
克隆仓库
git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder]
2
在不安装 PyRosetta 的情况下运行安装脚本（需要 Linux x86_64 及 575.57.08 或更新版本的 NVIDIA 驱动）
bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta
3
激活 Conda 环境
conda activate BindCraft
4
使用你的目标设置以免 PyRosetta 模式运行 BindCraft
python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta

使用前须知

经过测试的安装需要 Linux x86_64 系统、NVIDIA GPU 以及 575.57.08 或更新版本的驱动。
没有开源等价物的 Rosetta 专用指标不会被计算，而是使用占位值。
许可证显示为 NOASSERTION，使用前请自行核实仓库的许可条款。

常见问题

FreeBindCraft 是什么？: BindCraft 蛋白结合物设计工具的分支版本，将 PyRosetta 设为可选，改用开源组件完成结构松弛与打分。 FreeBindCraft 是 BindCraft 的修改版本。BindCraft 是一个针对目标蛋白结构设计微型蛋白、多肽等结合物的流程。该分支增加了 --no-pyrosetta 选项，使流程无需 PyRosetta 许可证即可运行，适合受商业授权限制的场景。
FreeBindCraft 可以免费使用吗？用的什么许可证？: FreeBindCraft 以 Other 许可证开源。用于商业产品前，请先确认许可证条款。
FreeBindCraft 还在维护吗？: 活跃维护中。FreeBindCraft 最近一次提交是在 2026年10月20日。
FreeBindCraft 适合用来做什么？: 在无法或不便获取 PyRosetta 许可证的 Linux GPU 工作站上设计蛋白结合物。对一批结构比较开源与 PyRosetta 的界面指标。用 ipSAE 而非默认的 i_pTM 对结合物设计结果进行排序。
FreeBindCraft 怎么安装和运行？: 克隆仓库: git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder] 在不安装 PyRosetta 的情况下运行安装脚本（需要 Linux x86_64 及 575.57.08 或更新版本的 NVIDIA 驱动）: bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta 激活 Conda 环境: conda activate BindCraft 使用你的目标设置以免 PyRosetta 模式运行 BindCraft: python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta
在哪里获取 FreeBindCraft？: 源代码和安装说明在 GitHub 上：https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft

概要由 AI 根据项目 README 生成；GitHub 数据每日更新。