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cytokineking/FreeBindCraft

Una bifurcación de BindCraft para diseñar ligandos proteicos que hace que PyRosetta sea opcional y sustituye sus pasos de relajación y puntuación por herramientas open source.

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hace 9 horas

¿Qué es?

FreeBindCraft es una versión modificada de BindCraft, una pipeline para diseñar ligandos proteicos, como miniproteínas y péptidos, contra una estructura objetivo. Esta bifurcación añade la opción --no-pyrosetta, que permite ejecutar la pipeline sin una licencia de PyRosetta, algo útil cuando las licencias comerciales suponen un obstáculo.

En el modo de omisión, la relajación estructural usa un protocolo basado en OpenMM, con preparación mediante PDBFixer y aceleración por GPU opcional, seguido del reempaquetado de cadenas laterales con FASPR. La complementariedad de forma se calcula con la biblioteca open source sc-rs y el área de superficie accesible al solvente, con FreeSASA o como alternativa, Biopython. Algunas métricas exclusivas de Rosetta no tienen equivalente open source y se sustituyen por valores de marcador de posición, así que conviene interpretar con cautela los resultados de los filtros.

La bifurcación también incorpora la puntuación ipSAE, una métrica de calidad de interfaz basada en AlphaFold PAE, y permite ordenar los diseños finales según esa métrica. Incluye un asistente interactivo de configuración, una compilación de Docker con un wrapper interactivo y una opción para Apple Silicon marcada como experimental.

Funciones clave

  • 01Ejecuta BindCraft sin una licencia de PyRosetta mediante la opción --no-pyrosetta.
  • 02Relaja estructuras con un protocolo de OpenMM que puede usar GPU CUDA y, después, reempaqueta las cadenas laterales con FASPR.
  • 03Calcula la complementariedad de forma con sc-rs y la SASA con FreeSASA o Biopython.
  • 04Añade la puntuación ipSAE y permite ordenar los diseños finales según esta métrica.
  • 05Incluye un asistente interactivo de configuración y un wrapper de Docker para configurar y ejecutar el programa.

Casos de uso

  • Diseñar ligandos proteicos en una estación de trabajo Linux con GPU cuando no se dispone de una licencia de PyRosetta o no se desea usarla.
  • Comparar métricas de interfaz open source con las basadas en PyRosetta en una carpeta de estructuras.
  • Ordenar los diseños de ligandos según ipSAE en lugar de la métrica predeterminada i_pTM.

Inicio rápido

  1. 1

    Clona el repositorio

    git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder]
  2. 2

    Ejecuta el instalador sin PyRosetta (Linux x86_64 con el controlador NVIDIA 575.57.08 o posterior)

    bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta
  3. 3

    Activa el entorno Conda

    conda activate BindCraft
  4. 4

    Ejecuta BindCraft en modo de omisión con la configuración de tu objetivo

    python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta

Antes de usarlo

  • La instalación probada requiere Linux x86_64 con una GPU NVIDIA y el controlador 575.57.08 o posterior.
  • Las métricas específicas de Rosetta que no tienen equivalentes de código abierto no se calculan y se sustituyen por valores de marcador de posición.
  • La licencia figura como NOASSERTION, así que consulta las condiciones de licencia del repositorio antes de usarlo.

Temas

#protein-design#bindcraft#peptide-design#protein-binder#openmm#structural-biology#bioinformatics#miniprotein#open-source#peptide

Preguntas frecuentes

¿Qué es FreeBindCraft?
Una bifurcación de BindCraft para diseñar ligandos proteicos que hace que PyRosetta sea opcional y sustituye sus pasos de relajación y puntuación por herramientas open source. FreeBindCraft es una versión modificada de BindCraft, una pipeline para diseñar ligandos proteicos, como miniproteínas y péptidos, contra una estructura objetivo. Esta bifurcación añade la opción --no-pyrosetta, que permite ejecutar la pipeline sin una licencia de PyRosetta, algo útil cuando las licencias comerciales suponen un obstáculo.
¿FreeBindCraft es gratuito? ¿Qué licencia tiene?
FreeBindCraft es open source bajo la licencia Other. Revisa los términos de la licencia antes de usarlo en productos comerciales.
¿FreeBindCraft sigue mantenido?
Mantenimiento activo. El último commit de FreeBindCraft fue el 20 oct 2026.
¿Para qué puedo usar FreeBindCraft?
Diseñar ligandos proteicos en una estación de trabajo Linux con GPU cuando no se dispone de una licencia de PyRosetta o no se desea usarla. Comparar métricas de interfaz open source con las basadas en PyRosetta en una carpeta de estructuras. Ordenar los diseños de ligandos según ipSAE en lugar de la métrica predeterminada i_pTM.
¿Cómo se instala FreeBindCraft?
Clona el repositorio: git clone https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft [install_folder] Ejecuta el instalador sin PyRosetta (Linux x86_64 con el controlador NVIDIA 575.57.08 o posterior): bash install_bindcraft.sh --no-pyrosetta Activa el entorno Conda: conda activate BindCraft Ejecuta BindCraft en modo de omisión con la configuración de tu objetivo: python -u ./bindcraft.py --settings './settings_target/your_target.json' --filters './settings_filters/default_filters.json' --advanced './settings_advanced/default_4stage_multimer.json' --no-pyrosetta
¿Dónde consigo FreeBindCraft?
El código fuente y las instrucciones de instalación están en GitHub: https://github.com/cytokineking/FreeBindCraft

Resumen generado por IA a partir del README del proyecto. Las estadísticas de GitHub se actualizan a diario.

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