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mims-harvard/ToolUniverse

LLMベースのAIエージェントに、研究ワークフロー向けの1,000以上の科学ツール、データセット、APIへの標準化されたアクセスを提供するフレームワーク。

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1,750
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267
未解決の Issue
17
最終コミット
昨日

これは何?

ToolUniverseは、あらゆる大規模言語モデルを基盤にAIサイエンティストシステムを構築するためのエコシステムです。AI-Tool Interaction Protocolを定義し、モデルによるツールの発見、リクエストの送信、結果の受け取り方を標準化しています。また、データ分析、知識検索、実験計画に使える1,000以上の機械学習モデル、データセット、API、科学計算パッケージを同梱しています。

Python SDK、ターミナルの`tu` CLI、またはClaude DesktopやClaude Codeなどのクライアントで利用できるネイティブのModel Context Protocol(MCP)サーバーを通じて利用できます。コンパクトモードでは、ツールカタログ全体を少数の検索用ツールに絞り、コンテキストウィンドウの使用量を節約できます。タンパク質ドッキングなど時間のかかるタスクは、進捗を追跡しながら非同期で実行できます。結果はメモリとSQLiteにキャッシュされます。

このリポジトリには、創薬やファーマコビジランスなどの研究ワークフロー、およびPubMed、Semantic Scholar、ArXiv、BioRxiv、Europe PMCを横断する文献検索に対応した、事前構築済みのエージェントスキルが68個含まれています。新しいツールはローカルまたはリモートに登録できます。

主な機能

  • 01ツールの発見と呼び出しを標準化するAI-Tool Interaction Protocol
  • 02Claude、GPT、Gemini、Qwenやオープンモデルなどに対応
  • 03トランスポートとツール選択を設定できるネイティブMCPサーバー
  • 04時間のかかるタスクの進捗追跡に対応した非同期実行
  • 05メモリ上のLRUとSQLiteへの永続化を組み合わせた2段階の結果キャッシュ
  • 06複数の生物医学データベースやプレプリントデータベースを横断する統合文献検索

ユースケース

  • 実際のデータベースを検索して創薬やゲノミクスの質問に答えるAIエージェントの構築
  • ClaudeなどのMCPクライアントからUniProtやopenFDAなどの科学APIを検索
  • 文献レビュー中に、単一のインターフェースからPubMedやプレプリントサーバーを検索
  • 共有エージェントツールキットに独自の科学ツールを追加

クイックスタート

  1. 1

    uv をインストールする(README に記載されている公式インストールスクリプトを実行)

  2. 2

    Python 3.12 で仮想環境を作成して有効化する

    uv venv --python 3.12 && source .venv/bin/activate
  3. 3

    ToolUniverse パッケージをインストールする

    uv pip install tooluniverse

使う前に知っておきたいこと

  • Apple Silicon 搭載 Mac でベクトル検索ツールを使用するには、macOS 14 以降が必要です。
  • ローカルの ML、ケモインフォマティクス、プロット用ツールには、基本パッケージ以外に追加のインストールが必要です。

トピック

よくある質問

ToolUniverse とは?
LLMベースのAIエージェントに、研究ワークフロー向けの1,000以上の科学ツール、データセット、APIへの標準化されたアクセスを提供するフレームワーク。 ToolUniverseは、あらゆる大規模言語モデルを基盤にAIサイエンティストシステムを構築するためのエコシステムです。AI-Tool Interaction Protocolを定義し、モデルによるツールの発見、リクエストの送信、結果の受け取り方を標準化しています。また、データ分析、知識検索、実験計画に使える1,000以上の機械学習モデル、データセット、API、科学計算パッケージを同梱しています。
ToolUniverse は無料で使えますか?ライセンスは?
ToolUniverse は Apache-2.0 ライセンスのオープンソースです。商用製品で使う前にライセンス条件を確認してください。
ToolUniverse は今もメンテナンスされていますか?
活発にメンテナンス中。ToolUniverse の最終コミットは 2026年10月19日 です。
ToolUniverse は何に使えますか?
実際のデータベースを検索して創薬やゲノミクスの質問に答えるAIエージェントの構築 ClaudeなどのMCPクライアントからUniProtやopenFDAなどの科学APIを検索 文献レビュー中に、単一のインターフェースからPubMedやプレプリントサーバーを検索 共有エージェントツールキットに独自の科学ツールを追加
ToolUniverse のインストール方法は?
uv をインストールする(README に記載されている公式インストールスクリプトを実行) Python 3.12 で仮想環境を作成して有効化する: uv venv --python 3.12 && source .venv/bin/activate ToolUniverse パッケージをインストールする: uv pip install tooluniverse
ToolUniverse はどこで入手できますか?
ソースコードとインストール手順は GitHub にあります:https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse

概要はプロジェクトの README をもとに AI が生成しています。GitHub の数値は毎日更新されます。

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